1)进水阶段进水阶段是SBR反应池接纳污水的过程。在污水流入开始之前是前个周期的静置或待机状态，因此反应池内剩 有高浓度的活性污泥混合液。这相当于传统活性污泥法中污泥回流的作用，此时反应池内的水位最低。在进水过程所确定时间内或者说在到达最高水位之前，反应池的排水系统一直是在关闭状态。
一般间断的来水通常采用一个反应器即可满足需要，若是连续来水，如24h生产的工厂污水，几乎是连续排放的，那么一个反应池就处理不了全部污水，这样处理系统就需要多个反应池来组成。 这种连续进水的SBR系统称为连续进水间歇式活性污泥法。
由于进水阶段仅仅流入污水，不排放处理水，反应池起到了调节池作用，在SBR法运行中即使有水量与水质的变化，对处理水 质也没有多大的影响。但对于某些污染物浓度变化较大的工业污水 处理时，为避免在进水阶段集中进人高浓度废水，在设定的生化时间内难以达标或对活性污泥形成冲击，也应设调节池。
2)反应阶段当污水注入到达预定容积后，进行曝气或搅拌， 以达到反应目的，通过好氧反应(曝气〕进行氧化、硝化，然后通过厌氧反 应(搅拌〉而脱氮。为保证沉淀阶段的效果，在反应阶段后期，进入离心脱水机沉淀阶段之前需进行短暂的微量曝气，去除附着在污泥上的氮气。
3)沉淀阶段 本阶段相当于传统活性污泥法中的二次沉淀池。停止曝气和搅拌，活性污泥颗粒进行重力沉淀和上清液分离。传统活性污泥法的二沉池是各种流向的沉降分离，而SBR的沉淀阶段是静置沉淀，而且有更高的沉淀效率。
4)滗水阶段排出活性污泥沉淀后的上清液，作为处理后的出水，一直排放到最低水位。反应池底部沉降的活性污泥大部分作为下个处理周期的回流污泥使用。此阶段还可进行剩余污泥的排放。另外反应池中还剩下一部分处理水，可起循环水和稀释水的作用。
5)静置阶段沉淀之后到下个周期开始的期间称为静置阶段。根据需要可进行搅拌或者曝气。在厌氧条件下采用搅拌不仅能节省能量，同时对保持污泥的活性也是有利的。在以脱磷为目的的装置中，剩余污泥的排放一般是在静置阶段之初和沉淀阶段的最后进行。
